The application of wastewater-based epidemiology to Hepatitis E virus in South Africa
Date
2024-02
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Stellenbosch : Stellenbosch University
Abstract
ENGLISH ABSTRACT: Background Hepatitis E virus (HEV) has a global presence, but the highest burden of disease is found in Africa and Asia. Unfortunately, in Sub-Saharan Africa, there is a gap in knowledge on the molecular epidemiology of the disease, as often serological methods only are applied. In recent years a high seroprevalence of the virus has been detected in populations in the Western Cape province. Evidence of viraemia has been published on a few South African patients from the Western Cape. Viral ribonucleic acid (RNA) was also detected in swine samples from an abattoir and in porcine meat products in Cape Town. Based on the existing literature, HEV genotype 3 has been detected in patients and swine samples. In this study, the aim was to determine whether HEV was circulating in communities in the Western Cape by testing wastewater extracts for the presence of HEV RNA. The study also sought to determine the HEV genotype in wastewater sample extracts. Methods One hundred and forty-three wastewater extracts were tested for the presence of HEV RNA using real-time polymerase chain reaction (PCR). Samples were sourced from four locations: two wastewater treatment works and sewer manholes from two Stellenbosch University residences. Nested reverse-transcriptase PCR (RTPCR) targeting three regions of the HEV genome was applied to samples which tested positive for HEV RNA. The sequenced regions were a portion of open reading frame (ORF) 2 covering 347 base pairs (bp), a 286 bp region of ORF1 and a 126 bp region of the overlapping ORF2/3. The generated PCR products were then sequenced with Sanger sequencing. The generated consensus sequences were placed in a phylogenetic tree with reference sequences for HEV genotypes 1 to 8, to determine which genotype is likely circulating in the selected communities. Results Out of the 143 wastewater samples, 130 valid results were generated. Out of 130, 21 (16.2%%) were positive and 109 (83.9%) were negative. Of the 21 positive samples, 5 (23.8%) were collected from Athlone wastewater treatment works (WWTW), 9 (42.9%) from Zandvliet WWTW, 1 (4.8%) from Meerhoff residence in Tygerberg and 6 (28.6%) from Metanoia residence in Stellenbosch. The positive samples had a median cycle threshold value of 37.9 (interquartile range: 36.7-39.7). Out of the 21 positive samples, 4 (19.1%) sequences were obtained from the ORF2/3 region. The sequences clustered most closely with a sequence from a South African patient and HEV genotype 3 reference sequences. Conclusions Based on the real-time PCR results, it appears that HEV is circulating among communities in the Western Cape province. Based on the detection of HEV genotype 3 in the wastewater samples, it suggests that zoonotic transmission may be the mostly likely route of infections. Further investigation to identify porcine and other food products which may be contaminated with HEV are necessary to break chains of transmission.
AFRIKAANSE OPSOMMING: Agtergrond Hepatitis E virus (HEV) het ‘n wêreldwye teenwoordigheid, maar die hoogste siektelas is in Afrika en Asië ondervind. In Sub-Sahara Afrika, is daar ongelukkig ‘n gaping in die kennis van die molekulêre epidemiologie van die siekte, omdat serologiese metodes alleen dikwels gebruik word. ‘n Hoë seroprevalensie van die virus is onlangs in bevolkings in die Wes-Kaap provinsie opgespoor. Bewyse van viremie was in ‘n paar SuidAfrikaanse patiënte gedokumenteer. Virale ribonukleïensuur (RNS) was ook in vark monsters van ‘n slagpale en in varkvleisprodukte in Kaapstad bespeur. Gebaseer op die bestaande literatuur is HEV genotipe 3 in pasiënte en vark monsters bespeur. In hierdie studie was die doel om vas te stel of HEV in gemeenskappe in die Wes-Kaap sirkuleer deur afvalwaterekstrakte vir HEV RNS te toets. Hierdie studie het ook probeer om die HEV genotipe in afvalwatermonster ekstrakte te bepaal. Metodes Een honderd-drie-veertig afvalwaterektrakte was vir die teenwoordighied van HEV RNA getoets met intydse polimerase kettingsreaksie (PKR). Monsters was van vier liggins verkry: twee afvalwaterbehandelingswerke en riool mangate van twee Universiteit Stellenbos koshuise. Geneste omgekeerede transkripsie-PKR was gedoen op monsters wat positief getoets het vir HEV RNS. Die bepaalde streke was ‘n gedeelte van oop leesraam (OLR) 2 wat 347 base pair dek, ‘n 286 bp gedeelte van OLR1 en ‘n 126 bp OLR van OLR2/3. Die PKR produkte het toe volgorderbepaaling ondergaan met Sanger-volgorderbepaling. Die gegenereerde konsensus volgordes was dan met verwysing volgordes vir HEV genotipes een tot agt in ‘n filogenetiese boom geplaas. Dit was gebruik om die waarskynlike sirkulerende genotipe in die geselekteerde gemeenskappe te bepaal. Resultate Uit die die 143 afvalwatermonsters, het 130 geldige resultate gegenereer. Uit die 130 resultate, is 21 (16.2%) positief en 109 (83.9%) negatief. Uit die 21 positiewe monsters, is 5 (23.8%) van Athlone afvalwaterbehandelingswerke (AWBW) ingesamel, 9 (42.9%) van Zandvliet AWBW, 1(4.8%) van Meerhoff koshuis in Tygerberg en 6 (28.6%) van Metanoia koshuis in Stellenbos. Die positiewe monsters het ‘n mediaan waarde van 37.9 (interkwartielvariasiewydte: 36.7-39.7). Uit die 21 positiewe monsters, is 4 (19.1%) volgordes van die ORF2/3 streek verkry. Die volgordes het die nouste saam met ‘n positiewe volgorde van ‘n SuidAfrikaanse pasiënt en HEV genotipe 3 verwysingvolgordes gegroepeer. Gevolgtrekkings: Gebaseer op die intydse PKR resultate, blyk dit dat HEV onder gemeenskappe in the Wes-Kaap sirkuleer. Gebaseer op die opsoring van HEV genotipe 3 in die afvalwatermonsters, blyk dit dat soönotiese oordrag heel waarskynlik die roete van infeksies is. Verdere ondersoek is nodig om vark en ander kosprodukte wat dalk met HEV besmet is te identifiseer, om die kettings van oordrag te breek.
AFRIKAANSE OPSOMMING: Agtergrond Hepatitis E virus (HEV) het ‘n wêreldwye teenwoordigheid, maar die hoogste siektelas is in Afrika en Asië ondervind. In Sub-Sahara Afrika, is daar ongelukkig ‘n gaping in die kennis van die molekulêre epidemiologie van die siekte, omdat serologiese metodes alleen dikwels gebruik word. ‘n Hoë seroprevalensie van die virus is onlangs in bevolkings in die Wes-Kaap provinsie opgespoor. Bewyse van viremie was in ‘n paar SuidAfrikaanse patiënte gedokumenteer. Virale ribonukleïensuur (RNS) was ook in vark monsters van ‘n slagpale en in varkvleisprodukte in Kaapstad bespeur. Gebaseer op die bestaande literatuur is HEV genotipe 3 in pasiënte en vark monsters bespeur. In hierdie studie was die doel om vas te stel of HEV in gemeenskappe in die Wes-Kaap sirkuleer deur afvalwaterekstrakte vir HEV RNS te toets. Hierdie studie het ook probeer om die HEV genotipe in afvalwatermonster ekstrakte te bepaal. Metodes Een honderd-drie-veertig afvalwaterektrakte was vir die teenwoordighied van HEV RNA getoets met intydse polimerase kettingsreaksie (PKR). Monsters was van vier liggins verkry: twee afvalwaterbehandelingswerke en riool mangate van twee Universiteit Stellenbos koshuise. Geneste omgekeerede transkripsie-PKR was gedoen op monsters wat positief getoets het vir HEV RNS. Die bepaalde streke was ‘n gedeelte van oop leesraam (OLR) 2 wat 347 base pair dek, ‘n 286 bp gedeelte van OLR1 en ‘n 126 bp OLR van OLR2/3. Die PKR produkte het toe volgorderbepaaling ondergaan met Sanger-volgorderbepaling. Die gegenereerde konsensus volgordes was dan met verwysing volgordes vir HEV genotipes een tot agt in ‘n filogenetiese boom geplaas. Dit was gebruik om die waarskynlike sirkulerende genotipe in die geselekteerde gemeenskappe te bepaal. Resultate Uit die die 143 afvalwatermonsters, het 130 geldige resultate gegenereer. Uit die 130 resultate, is 21 (16.2%) positief en 109 (83.9%) negatief. Uit die 21 positiewe monsters, is 5 (23.8%) van Athlone afvalwaterbehandelingswerke (AWBW) ingesamel, 9 (42.9%) van Zandvliet AWBW, 1(4.8%) van Meerhoff koshuis in Tygerberg en 6 (28.6%) van Metanoia koshuis in Stellenbos. Die positiewe monsters het ‘n mediaan waarde van 37.9 (interkwartielvariasiewydte: 36.7-39.7). Uit die 21 positiewe monsters, is 4 (19.1%) volgordes van die ORF2/3 streek verkry. Die volgordes het die nouste saam met ‘n positiewe volgorde van ‘n SuidAfrikaanse pasiënt en HEV genotipe 3 verwysingvolgordes gegroepeer. Gevolgtrekkings: Gebaseer op die intydse PKR resultate, blyk dit dat HEV onder gemeenskappe in the Wes-Kaap sirkuleer. Gebaseer op die opsoring van HEV genotipe 3 in die afvalwatermonsters, blyk dit dat soönotiese oordrag heel waarskynlik die roete van infeksies is. Verdere ondersoek is nodig om vark en ander kosprodukte wat dalk met HEV besmet is te identifiseer, om die kettings van oordrag te breek.
Description
Thesis (MSc)--Stellenbosch University, 2024.